Embora uma infecção por MBR ou alguma outra infecção de baixo nível possa ter acontecido, é muito provável que, na maior parte do tempo, o RAT a infecção foi praticamente a única coisa que aconteceu. Mesmo se assumirmos que é seguro dizer que a instalação atual não pode ser usada. Seu único uso é fazer backup de arquivos pessoais para que eles possam ser verificados em um sistema limpo e separado.
Eu apenas reinstalaria o sistema operacional se você confirmasse que estava infectado por uma ferramenta RAT. É claro que sugiro não reinstalar o Windows XP porque a exploração que permitiu que isso acontecesse provavelmente nunca será corrigida.