Use uma camada fina - lembre-se, tudo o que você precisa fazer é preencher os espaços aéreos microscopicamente pequenos entre as duas superfícies.
Além disso, não se esqueça de limpar todo o composto térmico antigo - você pode usar álcool ou há limpadores feitos para o propósito.
Demasiada pasta térmica levará ao aumento da temperatura, mas a menos que você adicione uma quantidade muito grande, não seria suficiente para causar danos por calor. (Além disso, os processadores modernos devem ser capazes de se desligar rapidamente (teoricamente, rápido o suficiente para evitar danos) se detectarem temperaturas suficientemente altas.)