É um problema de citação. . . você tem o comando inteiro entre aspas duplas e também usa aspas duplas no comando. Uma solução para isso é escapar das aspas, ou seja:
alias hh="history|awk '{print $2}'|awk 'BEGIN {FS=\"|\"} {print $1}'|sort|uniq -c|sort -r"
Veja uma postagem do SO em escape de aspas duplas , e aqui está outra em aspas simples entre aspas simples