Se você não precisa, desabilitá-lo através do BIOS está bem.
Em termos de estabilidade, ativá-lo ou desativá-lo não deve atrapalhar / beneficiar a estabilidade / desempenho de um PC. Se você não estiver usando o software que está usando virtualização, isso não afetará o desempenho.
Tem a certeza de que o seu amigo não fez outras alterações no BIOS para tentar corrigir os problemas dele? Talvez ele tenha um overclock de CPU ou RAM instável.
Já tive a virtualização ativada e desativada e, quando executei testes de desempenho e testes de desempenho, nunca vi queda de desempenho ou problema de estabilidade.