Eu posso confirmar o comportamento mas não explicá-lo! Eu tenho uma conta IMAP configurada no Mail. Se eu arquivar uma mensagem, ela moverá a mensagem para a pasta Arquivo. Arquivar a mensagem novamente parece excluí-la sem nenhum traço (embora você possa desfazer a ação).
Isso não parece ser um comportamento muito desejável para mim, talvez um bug?