Não sei por que você não conseguirá ver o espaço total usando seu método, mas quando estou com pouco espaço no Windows, descobri que o WinDirStat é muito útil para descobrir o motivo:
Esta é uma ferramenta de código aberto semelhante ao KDirStat no Linux, se você já usou isso. Ele mostra uma visualização gráfica do sistema de arquivos, bem como a visualização em árvore do diretório normal, com o tamanho total e a porcentagem de cada diretório e arquivo. Há opções para mostrar o espaço "desconhecido" usado, assim como os arquivos normais e o espaço "livre".
Os arquivos de ajuda do WinDirStat mencionam que o espaço "desconhecido" poderia ser "restauração do sistema" do Windows, ou "informações de volume do sistema", ou qualquer outra coisa. Então, se você vir um monte de espaço "desconhecido", eu começaria a olhar para onde a restauração do seu sistema é armazenada. Se não é isso ... eu estou sem ideias. Você pode ver se a verificação de erros no disco ajuda.