Existem muitos tipos diferentes de benchmarks, que testam muitas coisas diferentes de muitas maneiras diferentes. Alguns desses benchmarks serão afetados pela utilização da arquitetura de 64 bits da sua CPU, outros não.
O software de benchmarking especificamente projetado para usar a arquitetura de 64 bits será mais rápido / melhor. Se o seu benchmark testar a velocidade do disco rígido como o Attobench, você provavelmente não verá nenhuma melhoria nas pontuações porque o disco rígido não fica mais rápido quando o aplicativo que o acessa é de 64 bits.
Por outro lado, a arquitetura x86-64 suporta mais registros de propósito geral, o que acelera o processamento em loops estreitos (pequenos). Isso permite que alguns programas, mas não todos, sejam executados mais rapidamente, já que a CPU não precisa buscar tantos dados da memória principal.
Em resumo, depende exatamente do que seu software de referência está testando. Se você está testando seu HDD, por exemplo, você deve ver muito pouca diferença. O mesmo se aplica para testar a velocidade da RAM e gráficos 3D. Alguns outros benchmarks, no entanto, serão afetados, tudo depende exatamente do que seu software de benchmarking testa e como ele o testa.