Seria muito mais fácil se você usasse o rsync em vez do wget, já que o rsync foi projetado exatamente para dar uma resposta à sua necessidade entre outras tarefas. Você poderia usar:
rsync -raz -e ssh [email protected]:/root/dir-to-sync
/root/dir-where-files-go
Para verificar se o processo falha, basta verificar o código de saída $?
e se o valor dessa variável é diferente de zero "0", então algo deu errado e você pode sinalizar uma comunicação por e-mail
Para copiar os arquivos alterados, use um timestamp para saber qual é o último arquivo que você tem antes de sincronizar e, em seguida, você sabe quais são os novos arquivos.
Você pode criar uma máscara baseada em data no formato ISO para seus diretórios com algo como newdirmask=$(date +%Y%m%d''%H%M%S)
e usá-la posteriormente como mkdir
like mkdir /home/$newdirmask
.