Se estiver usando o Ubuntu, você deve estar bem apenas instalando alguns pacotes do repositório. php-gnupg
tem o pacote libgpgme11
do GPGME como dependência. Então, em vez de compilar o GPGME sozinho, basta instalar os pacotes necessários:
sudo apt-get install php-gnupg
Isso também significa que você obterá atualizações do GPGME e da biblioteca PHP junto com o sistema operacional e não precisará se preocupar com elas manualmente.