Infelizmente, é como você tem medo - alguns arquivos provavelmente estão corrompidos.
Por outro lado, provavelmente são arquivos que não são vitais: por um lado, o sistema ainda inicializa; para outro, os arquivos que são mais propensos a acionar um chkdsk são aqueles que estão sendo escritos agora . Principalmente eles são seus arquivos de dados, ou arquivos temporários, ou trocam dados. Existe a possibilidade de arquivos "inativos" serem corrompidos, mas, na minha experiência, isso é muito baixo - a menos que você espere demais enquanto o disco apresenta sintomas de falha iminente.
Os arquivos de sistema do Windows no Windows XP são "protegidos" pelo System File Check (SFC), e as discrepâncias serão corrigidas automaticamente.
Então, enquanto você pode ter perdido um pouco , os dados-chave ainda estão muito provavelmente ainda intactos. É possível, até mesmo provável, que você realmente não tenha perdido nada.
A criação de imagens no disco rígido ainda é uma coisa boa e necessária a ser feita (pense em todos os programas, preferências, etc. instalados), o mais rápido possível.
Naturalmente, você não precisa ser avisado para manter uma cópia de arquivos importantes em outro dispositivo enquanto a nova unidade chega e não instalar nenhum software ou fazer alterações no sistema nesse meio tempo.
Você restaurará no novo dispositivo a primeira imagem criada e copiará manualmente os arquivos de dados mais recentes, o que será a única coisa que terá mudado.
Provavelmente você vai querer instalar um monitor de disco rígido SMART (por exemplo, HDDHealth da Panterasoft, mas existem vários - o mais recente SpeedFan da AlMiCo tem uma opção SMART) para manter o controle sobre o novo disco.