WinRAR!
- Selecionar todas as pastas
- Clique com o botão direito > Adicionar ao arquivo
- Nas opções do WinRAR, acesse a guia Arquivos
- Na seção Arquivo inferior, selecione "Colocar cada arquivo para separar arquivo "
- Ok.
Agora, cada pasta será criada em um novo arquivo RAR ou Zip.