Estou um pouco confuso com o texto da pergunta, mas se você está se referindo aos "Favoritos", como nos Favoritos que estão vinculados ao lado do Windows Explorer e não ao "Favoritos" que estão listados no Internet Explorer , você deve poder acessar esta pasta via:
explorer C:\Users\%USERNAME%\Links
Como explicado em uma das outras respostas, os favoritos do Internet Explorer estão disponíveis em
explorer C:\Users\%USERNAME%\Favorites
Tenha em mente, porém, que as coisas listadas dentro dessa pasta são apenas atalhos para outras pastas, seja na sua área de trabalho ou em uma unidade de rede. Se eles forem movidos, os atalhos dentro da pasta Links podem não funcionar mais.