O eCryptFS infelizmente tem um limite de nome de arquivo de 143 caracteres: link
O unison 2.40.65 não sabe sobre esse limite específico e, às vezes, cria arquivos temporários que passam por ele. Esses arquivos não podem ser criados em montagens eCryptFS.
Existe um patch para uníssono para criar nomes de arquivos que permaneçam dentro do limite de eCryptFS: link - curiosamente, o post da lista de discussão que anuncia o patch também cita sua pergunta de superusuário. :)