Lá vai você. de Manuscritos precisos do Ubuntu :
--apparent-size
print apparent sizes, rather than disk usage; although the
apparent size is usually smaller, it may be larger due to holes
in ('sparse') files, internal fragmentation, indirect blocks,
and the like
-B, --block-size=SIZE
scale sizes by SIZE before printing them. E.g., '-BM' prints
sizes in units of 1,048,576 bytes. See SIZE format below.
-b, --bytes
equivalent to '--apparent-size --block-size=1'
Portanto, não só tens em conta MiB / GiB no primeiro lado, como também pode ter um " ficheiro esparso < na frente de você.
(estou assumindo aqui que você está usando du
e não POSIX's do coreutil)