Não é possível que a finalização do serviço vsftpd também encerre as conexões de rede existentes. Mesmo se você puder forçar o cliente a ignorar isso, o serviço recém-reiniciado não saberá o que fazer com os fragmentos de uma transferência de FTP em andamento de um cliente que não tenha feito logon anteriormente nele.
O FTP tem um recurso para retomar os downloads interrompidos e vsftpd suporta a retomada se configurado corretamente. Parece que a opção pget -c em lftp também suporta retomar uma transferência de cliente.