Eu não sei se o RecordMyDesktop pode fazer isso (duvido, já que provavelmente não é uma necessidade comum). Você pode dividir o arquivo com ffmpeg, embora:
## Get the audio:
ffmpeg -i input.ogv -vn -c copy audio.ogg
## Get the video:
ffmpeg -i input.ogv -an -c copy video.ogv
## Get both with a single command:
ffmpeg -i input.ogv -vn -c copy audio.ogg -an -c copy video.ogv
Se você quiser o áudio em um MP4, será necessário recodificá-lo para AAC (o AAC é o codec de áudio real, enquanto o MP4 é um formato de 'contêiner', que pode conter vários tipos de vídeo, áudio e legendas diferentes fluxos). Veja o guia de codificação AAC no wiki ffmpeg. Esse wiki também contém guias úteis para codificação de vídeo - confira o guia x264 se você quiser colocar o vídeo em um MP4.