Eu não acho que haja algum problema em armazenar seus backups em um disco formatado em ext4. Eu acho que o Kernel suporta ext4 desde 2.6.28, então você pode encontrar problemas com os antigos Kernel 2.0.26. No entanto, acho que a maioria das caixas deve ser atualizada para 2.6.32. E, até onde eu sei, o CentOS6 também suporta ext4, então se você não planeja fazer o downgrade para o CentOS5 ou algo assim, eu acho que você deveria estar bem.