A resposta à sua pergunta depende do tipo de dispositivo que você está usando, bem como das configurações do seu sistema de arquivos (se você estiver gravando em um arquivo, em vez do próprio dispositivo / partição).
Memória Flash
A memória flash (unidades USB e SSDs) possui setores de hardware que não podem ser modificados sem mudar todo o setor, portanto, alterar um bit resulta na leitura de todo o setor, alterando esse bit e reescrevendo o setor novamente. Para cada bit do seu setor, isso pode levar muito mais tempo do que escrever um setor de uma vez (na verdade, isso provavelmente funciona um pouco diferente, porque o dispositivo tem seu próprio buffer para coletar dados antes de gravar em setores).
Discos rígidos
Ao usar um disco rígido, o tamanho do bloco que funciona melhor depende dos buffersizes reais usados em hardware e software. Mas quanto ao que penso, o tamanho do bloco usado com o gparted não é tão importante em discos rígidos quanto em dispositivos flash.
Eu não sou especialista em como os dispositivos de armazenamento e drivers de sistema de arquivos, bem como os drivers nos diferentes kernels unix funcionam, então, por favor, corrija-me se eu estiver dizendo algo errado.