The only difference in the the sysfan1 and sysfan2 connectors is that sysfan2 has 4 pins and sysfan1 has 3 pins. However, both fans are 3-pin fans meaning that the additional pin in sysfan2 is not being used and thus should not make a difference.
Sua suposição está incorreta. Você não pode conectar um conector de 3 pinos no primeiro ou no último 3 pinos de um receptor de 4 pinos, ele não funcionará em todos os caminhos. Francamente você tem sorte, pois parece que você está provavelmente recebendo energia para o fã por causa de um dos pinos do meio.
UPDATE
Acontece que o ventilador 2 do seu sistema de placas-mãe não possui um pino de sensor como por <