IMHO, a melhor opção é usar uma ferramenta como o Clonezilla . Eu sugiro que você obtenha uma cópia do Parted Magic (que contém muitas ferramentas úteis para a manutenção de discos e sistemas, incluindo o Clonezilla), e execute-o como um LiveCD (ou LiveUSB).
O próprio Clonezilla tem uma interface de usuário simples que ajuda você a definir corretamente as opções que você precisa, mas se você gastar um pouco de tempo para aprender as variáveis, ele também poderá ser iniciado a partir da linha de comando.
Ao trabalhar com partições, é sempre melhor desmontá-las, algo que nem sempre é possível se você estiver logado em seu sistema e quiser trabalhar com o disco em que o SO está instalado.