OK, depois de alguma bisbilhotice, acho que encontrei a resposta (um diretório oculto):
$HOME/.gnome2/panel2.d/default/launchers
Atualização : O caminho acima foi apenas metade da resposta. Graças à resposta do @ DoR aqui , Parece que os lançadores de painéis também precisam se registrar em:
$HOME/.gconf/apps/panel/objects/