Como sempre: depende.
Se a sua pasta TEMP tiver uma lista de controle de acesso, dando quase todo o acesso a qualquer pessoa em novos arquivos e pastas e se houver um processo do sistema
- armazenando informações confidenciais em TEMP
- não bloqueia os arquivos
- não está alterando os direitos de acesso padrão
- não está limpando os arquivos
então você pode acabar com um usuário sendo capaz de ler essas informações. Ou ainda pior, com um usuário podendo modificar essa informação. Existem ataques conhecidos no Unix com processos que usam arquivos temporários e não os manipulam de maneira segura.
Portanto, na minha opinião, não é não uma boa prática usar a mesma pasta TEMP para SYSTEM e usuários. BTW, por que você quer fazer isso? E quanto às contas LocalService e NetworkService, por que não alterar essas também?