O Jmol requer o Java 1.4+, portanto, certifique-se de ter um Java Runtime.
sudo apt-get install default-jre
Agora precisamos extrair o arquivo Jmol que você baixou.
As instruções são, (vá para a pasta que você baixou):
tar -xvzf Jmol-12.1.16-full.tar.gz
cd jmol-12.1.16/
chmod +x
./jmol.sh
Para facilitar (criar um atalho) e colocar a localização do jmol.sh
arquivo.