Sim e não.
Sim: você pode alterar o DNS por usuário por meio de um script de inicialização que é iniciado por meio da Política de Grupo.
Não: as configurações de DNS são locais da máquina, portanto, todos os usuários devem compartilhar as configurações. Se você tiver dois usuários simultâneos, não será possível para cada usuário ter uma configuração de DNS diferente se ambos os usuários estiverem conectados ao mesmo tempo.
Então, se você usou um script de inicialização, quem já tiver feito login por último definiria o DNS para todos os usuários conectados.