O parâmetro -s aceita um caminho para um arquivo local que contém comandos que serão passados um de cada vez para o programa ftp . No seu caso, o arquivo ftpcmds.txt provavelmente começa com algo assim:
open ftp.domain.com
username
password
put file.txt
...
quit
O Windows não possui um cliente sftp embutido, portanto você precisará encontrar um cliente de terceiros, mas eu acho que eles teriam um recurso de linha de comando semelhante. Isso, claro, será completamente dependente do aplicativo sftp que você escolher.