Um programa chamado HxD permitirá que você edite hexadecimais o setor 0, como os bons e antigos editores do setor, no mesmo dia Janelas. No Linux, você tem bvi , que é como vi , mas em hexadecimal - basta abrir /dev/sdb ou qualquer que seja o dispositivo de unidade raiz (enquanto ele está desmontado) e pular fora.
Não acredito que o DosBOX emule acesso de baixo nível a unidades montadas - tudo funciona no nível do arquivo - portanto, usar debug.exe não funcionará. Além disso, pelo que me lembro, você tem que carregar um setor na RAM usando o comando l ou algo semelhante, editá-lo na memória e, em seguida, escrever o setor de volta.
Tenha em mente o utilitário Testdisk que usei mais de uma vez para extrair arquivos de unidades com tabelas de partições sobrescritas .