Com certeza você pode usar apt-get remove
kernel que não está em uso. Para ter certeza de que você está removendo a versão correta - você pode digitar dpkg -l |grep kernel
para encontrar o nome completo do pacote da lista e o apt-get remover exatamente esse pacote.
Infelizmente eu não sei se no ubuntu ele irá editar automaticamente para você menu.lst ou não, caso contrário, você precisará cd /boot/grub
e editar menu.lst por si mesmo.
Basta abri-lo no seu editor favorit, encontrar a linha com o kernel "desinstalado" e remover o bloco inteiro, ou apenas verificar qual número é o kernel que você quer inicializar e alterar o parâmetro 0 com o padrão N (onde N inicia em 0 e seu número de kernel que você deseja inicializar por padrão)