Parece que você (e eu) tem o mesmo problema que a maioria dos usuários que usam processadores Intel. Existe um erro de regressão / superaquecimento com o kernel do Linux usado por 11.10. A boa notícia é que este bug foi corrigido como foi testemunhado por 12.04 usuários beta 2.
Atualize para 12.04 em 26 de abril, o que, certamente, resolverá esse problema de uma vez por todas. Espero que isso ajude!