Copiar um arquivo (supondo que haja espaço não fragmentado suficiente para que possa ser escrito continuamente, o que com arquivos grandes é uma suposição muito grande) irá desfragmentar esse arquivo.
No entanto, um arquivo de disco rígido virtual pode ser fragmentado no interior da mesma maneira que um disco rígido real pode ser. Isso é resolvido desfragmentando o conteúdo do VHD, que simplesmente não copia o (s) arquivo (s) que compõem o VHD fora do ambiente virtualizado (não mais do que mover fisicamente um disco rígido de um computador para outro irá desfragmentar). De um modo geral, para o sistema operacional host, o disco rígido virtual é simplesmente um ou alguns arquivos opacos e muito grandes, e não será tratado de forma diferente de, digamos, arquivos de vídeo de tamanho semelhante.
Há um benefício para a desfragmentação baseada em host e em guest, se você estiver usando um meio de armazenamento que se beneficia da desfragmentação em primeiro lugar (discos rígidos de discos giratórios em oposição a SSDs ou memória Flash). Para melhores resultados, você seria bem aconselhado a fazer as duas coisas. A desfragmentação do lado do convidado pode ser feita antes ou depois da cópia, mas para obter a maior vantagem, eu faria uma desfragmentação no lado do host após colocando o disco rígido virtual em seu novo local. A desfragmentação antes de copiar o (s) arquivo (s) pode ter um pequeno efeito no tempo para executar a operação de cópia, mas quase certamente não chega nem perto o suficiente para compensar o tempo que realmente leva para executar a desfragmentação.