Você está executando du
como root? Se não, então provavelmente haverá pedaços que não são vistos porque o usuário atual não tem o direito de abrir os diretórios para ler os tamanhos dos arquivos.
Além disso, o problema pode ser corrupção do sistema de arquivos - tente as invocações fsck
relevantes.
John também pode estar certo sobre diretórios mascarados devido a pontos de montagem sobre eles. Isso é fácil de excluir: inicialize no modo de usuário único, certifique-se de que todos os outros sistemas de arquivos possíveis sejam desmontados e execute du
então.