Aqui está um script em lote (windows) que fará isso
setlocal enabledelayedexpansion
set n=1
for %%a in (unix_*.txt) do (
if !n! lss 10 (
ren "%%a" "00!n!_%%a"
) else (
if !n! lss 100 (
ren "%%a" "0!n!_%%a"
) else (
if !n! geq 100 (
ren "%%a" "!n!_%%a"
)
)
)
set /a n+=1
)