O Xbox usa seu próprio sistema de arquivos que não é reconhecido pelo Windows. Para que o Xbox use o dispositivo USB, ele provavelmente teve que configurá-lo quando o inseriu. Fazer isso provavelmente armazenou alguns arquivos na unidade que você não pode ver.
Você pode tentar alterar as configurações para visualizar arquivos ocultos e de sistema no Windows Explorer, a fim de exibir os arquivos do Xbox para removê-los.
Aqui está como a SanDisk diz para remover os arquivos usando o Xbox; Excluindo arquivos do Xbox 360 em uma unidade flash USB . A marca do pen drive é irrelevante para essas instruções.
Se você quiser começar de novo, pode simplesmente formatar o pen drive.