Você não pode 'realmente' consertar um disco rígido de maneira confiável. Use o chkdsk para varrer e tentar recuperar. De uma resposta antiga - essas opções são o que você deve olhar
/ R Localiza setores defeituosos e recupera informações legíveis
/ b Somente NTFS: limpa a lista de clusters defeituosos no volume e redimensiona todos os clusters alocados e livres quanto a erros. / b inclui a funcionalidade de / r. Use esse parâmetro depois de criar um volume para uma nova unidade de disco rígido. Funciona apenas no vista ou melhor.
A coisa mais inteligente a se fazer é imaginar a unidade do linux com o gddrescue e depois executar o checkdisk na unidade original. Você também pode tentar hdtune - há uma versão gratuita e faz verificações inteligentes, comparações de velocidade e verificações de superfície.Uma unidade com setores ruins o suficiente para ter problemas de desempenho não deve ser usada para nada importante.
Assumindo que não é a unidade, talvez você queira usar o xperf para descobrir qual é o gargalo - o MSDN tem um série de posts no blog que cobrem isso e O mozilla tem um guia para usá-lo .