Leia seus documentos: todos têm uma opção de verificação nos dias de hoje.
Eu sugiro strongmente o rsync com verify. Você pode obter o rsync em qualquer sistema operacional nos dias de hoje, e tudo que você precisa é do cliente. Além disso, é improvável que seus dados sejam corrompidos durante a cópia pela camada de rede. Talvez suas unidades sejam lixo ou sua placa-mãe esteja morrendo, mas a rede é bastante robusta.
Além disso, se você montar as unidades, abra uma janela cmd (também conhecida como dos window) e tente xcopy / V para obter uma cópia verificada (use xcopy /? para ver todas as opções) - e certifique-se de que seus dados em várias unidades, ou você tem cópias espalhadas. Nunca confie em um único ponto de falha!