Isso pode ser simplesmente um bug da Conexão da Área de Trabalho Remota. Acredito que o Lion ainda não é totalmente suportado, mas esse é o problema. Eu estou usando o Microsoft Remote Desktop Connection e tudo é incrível, exceto eu não posso salvar programas com ctrl-s. O que realmente acontece quando eu clico em ctrl-s é a janela mostra um pequeno espaço no topo (sobre o tamanho de uma barra de menu, coincidentemente) e eu tenho que pressionar Command-2 duas vezes para voltar a janela para o tamanho correto . Eu acho que o programa acha que estou tentando salvar uma conexão. Infelizmente, não vejo uma maneira óbvia de remapear esse atalho específico.
Também tive esse problema - você pode reativar a função Salvar do aplicativo Área de Trabalho Remota no menu Teclado do OS X. Basta abrir o teclado, navegar para atalhos de aplicativos e adicionar um novo mapeamento para o aplicativo Remote Destkop Connection para mapear Salvar para outra combinação de teclas (usei Command + S).
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