Do conteúdo do arquivo indicator-messages.desktop (localizado em /etc/xdg/autostart ) você pode ver que o "arquivo executável" é um serviço localizado em /usr/lib/x86_64-linux-gnu/indicator-messages/indicator-messages-service , o que significa que você não pode iniciar indicator-messages manualmente, só porque não é um aplicativo executável, como gedit .
Em relação ao comentário an application with id 'liferea.desktop' is not installed , verifique se gsettings get com.canonical.indicator.messages applications retorna as entradas corretas dos aplicativos que estão sendo instalados, como a configuração padrão ['thunderbird.desktop'] .
Quando você prefere usar uma ferramenta baseada em GUI - você pode fazer isso com dconf-editor , é claro.