No Unix / Linux, um arquivo ou diretório que começa com um ponto está oculto . É lógico que os desenvolvedores dos aplicativos que criaram esses diretórios pretendiam que fossem ocultados.
Ocultar manualmente as pastas funciona bem e não causa efeitos negativos. Mover as pastas só funciona (como eu suspeitava) se o aplicativo proprietário expuser uma configuração para controlar o local do diretório. No meu caso, pelo menos, a maioria dos aplicativos não expõe essa configuração. (Felizmente, o GIMP faz)
Eu considero isso um bug nesses aplicativos, ou pelo menos uma programação malfeita. Se a pasta deveria estar oculta, o aplicativo deveria explicitamente configurá-la para ser ocultada no Windows e não apenas no Unix / Linux. Melhor ainda seria colocar essas pastas no diretório AppData, uma pasta oculta, e deixá-las visíveis dentro desse diretório.