É possível que você tenha usado todos os inodes disponíveis, o que significa que, embora você tenha espaço no disco, não é possível gravar nele. Tente executar isso:
df -i
Onde 'df' é 'disk filesystem', -i é 'inodes'. A saída será algo como isto:
chris@loki:~$ df -i
Filesystem Inodes IUsed IFree IUse% Mounted on
udev 500788 487 500301 1% /dev
tmpfs 505825 638 505187 1% /run
/dev/sda1 1835008 374975 1460033 21% /
tmpfs 505825 27 505798 1% /dev/shm
tmpfs 505825 5 505820 1% /run/lock
tmpfs 505825 16 505809 1% /sys/fs/cgroup
tmpfs 505825 24 505801 1% /run/user/1000
No entanto, se 'IUse%' for de 99 a 100% em sua unidade, o problema será esse.
Existem várias razões pelas quais todos os inodes seriam contabilizados; Na minha experiência como gerente de servidor, por exemplo, isso normalmente seria causado pelo fato de os arquivos de log não serem removidos com regularidade suficiente (estamos falando de anos) ou pela geração de logs de erros detalhados em novos arquivos de texto repetidas vezes. Pode ser qualquer coisa no seu caso, mas provavelmente causada por milhares de arquivos armazenados em certos diretórios por razões ruins.
A melhor maneira que encontrei para encontrar a origem de tal problema é executá-lo a partir do diretório raiz da máquina:
find / -xdev -printf '%h\n' | sort | uniq -c | sort -k 1 -rn | head
Tenho certeza de que existem maneiras melhores e mais eficientes! O acima não é perfeito.