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Algumas unidades USB possuem uma chave de proteção contra gravação de hardware. Você poderia comprar um desses. Eu tenho um velho "pen drive" de 128MB da Microsoft que tem esse tipo de opção. Não tenho certeza de quem realmente faz isso.
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Como alternativa, você pode usar um cartão SD de tamanho completo que, como padrão, tem um pequeno controle deslizante de proteção contra gravação. Torne um leitor de cartão SD USB parte do seu kit de recuperação.
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As unidades Sandisk U3 apresentam o software "U3" como uma partição de CD-ROM falsa - isso é necessário porque o software U3 desbloqueia os dados no restante da unidade flash. Eu acredito que é possível modificar esta partição (basicamente apagando a atual "partição de CD-ROM" e criando uma nova) usando vários utilitários. Eu atualizarei esta resposta mais tarde com detalhes se eu puder lembrar onde encontrei as informações.