Absolutamente. Você pode criar uma pasta de projeto raiz para todos os seus subarquivos e subpastas no trunk
do seu SVN e apenas commit
do que você precisa clicando com o botão direito do mouse em tais arquivos / pastas manualmente através do menu do Tortoise.
Quanto aos arquivos que você não deseja no svn, você pode adicioná-los ao svn:ignore
através do menu SVN turtoise (Clique com o botão direito - > adicionar à lista de ignorados).
Para arquivos do SharePoint que não devem ser confirmados e outras práticas recomendadas relacionadas ao SVN, este link tem uma lista bastante completa, acredito:
Quais caminhos devem ser Eu ignoro quando checo um projeto do SharePoint no Subversion?
Para mais instruções e outras operações do SVN relacionadas ao turtoiseSVN e a outros clientes, esse link é bastante fácil de seguir e abrangente: link