Você realmente deve usar um analisador de HTML, não um regex (consulte respostas anteriores sobre este assunto).
No entanto, se o XML tiver conteúdo e formatação completamente previsíveis, você poderá se safar com algo como
:%s/<span[^>]*><\/span>//
(não testado) O ponto importante aqui é que ele testa um elemento vazio que está na mesma linha. Você poderia adicionar um acento circunflexo (^) no início se os elementos de extensão indesejados sempre começassem no início de uma nova linha.
Se você quiser corresponder id="textmarked_[0-9]*
você pode fazer isso, duvido que seja necessário. Qualquer elemento vazio provavelmente não serve para fins úteis, independentemente de seus atributos. A única exceção que posso imaginar é se algum javascript preencher esses elementos.