Eu tenho tido exatamente o mesmo problema. Percebi o seguinte erro após a execução: diffupdate
/bin/bash: /usr/share/vim/vim73diff: No such file or directory
Esse arquivo obviamente não existe, então eu suspeito que @Heptite estava correto ao dizer que o vi não pode encontrar um binário de diferenças. O diff.exe já estava no meu PATH, então estou confuso com isso. No entanto, o symlinking parece resolver o problema.
ln -s /usr/bin/diff /usr/share/vim/vim73diff
Feio, mas estou de volta a trabalhar novamente.