Use o comando nice do shell da linha de comando para alterar a prioridade de um processo.
man nice e man renice devem fornecer as informações necessárias.
Eu tenho um sistema i3 2nd gen com placa gráfica nvidia 1GB e executando o Ubuntu. O uso da CPU se torna 99% quando eu executo um simulador 3D e outro aplicativo 2D OpenGL e eu adquiro os dados de movimento do mouse de outro programa, mas o movimento do mouse é lento devido ao uso excessivo, existe alguma maneira em que eu possa dar prioridade algum processo ou diminuir meu uso de CPU.