Eu uso o xvidcap. Para resolver a sincronização, instalei o mixer PulseAudio (pavucontrol).
Eu também escolho um fps baixo, porque eu uso um laptop que não é muito poderoso.
Primeiro eu corro o pavucontrol:
$ pavucontrol
Então eu corro o xvidcap desta maneira:
$ padsp xvidcap --fps 10 --cap_geometry 1440x900+0+0 --file "file1.mpeg"
padsp
é o wrapper do pulseaudio. As opções são apenas um exemplo, você escolhe o seu próprio.
Em seguida, vá para pavucontrol, na guia de gravação. Esta guia funciona apenas quando um programa de vídeo está sendo executado. Aqui você pode escolher a fonte de áudio que deseja gravar. Finalmente comece a gravar.