Você deve conseguir consertar isso reinstalando o GRUB.
Inicialize a partir de um live cd do linux, abra um terminal e digite:
$ sudo update-grub
Você deve ver algo como (ênfase minha):
Generating grub.cfg ...
Found Windows 7 (loader) on /dev/sdaX
done
Se você não vir uma linha contendo o Found Windows 7, não continue. Existe um problema diferente.
Se você fizer uma linha informando que o Windows 7 foi encontrado, vá para a próxima etapa:
$ sudo grub-install /dev/sda
Isso removerá o carregador de inicialização do Windows (se houver, acho que você já o removeu) e o substituirá pelo GRUB do gerenciador de inicialização Linux.
Agora, reinicie sua máquina, você deve receber um menu normal do GRUB para escolher as janelas. Se você quiser remover completamente o GRUB, procure por um tutorial sobre como restaurar um MBR no Windows.