Tente este arquivo bat (cole o código no bloco de notas e salve como um arquivo .bat). A primeira linha é uma variável, então mude para a pasta raiz que você quer que seja criada.
set rootDirectory = C:\Documents and Settings\username\Desktop\
cd %rootDirectory%
md test
md test
Acima cria uma pasta na área de trabalho (chamada de teste) e uma subpasta chamada 01.
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Na verdade, você nem precisa da variável neste exemplo (isso faz exatamente o mesmo, apenas com 1 linha a menos de código):
cd C:\Documents and Settings\username\Desktop\
md test
md test