Você poderia apenas embrulhar o pdftk em um script. Algo como
#!/bin/bash
filename=$1
base_filename=${filename%pdf}
new_filename=$(echo $base_filename"encrypted.pdf")
read -p 'password:' -s secret; echo
pdftk $filename output $new_filename user_pw $secret
echo ${filename}" encrypted to "${new_filename}
É claro que você deve adicionar alguma verificação e você pode dar nomes de arquivos tanto de entrada como de saída, etc, mas você entendeu.