Você está usando a lista de contatos "Todos". Nesta lista, você verá seus contatos do Skype e do Facebook agrupados.
Você pode mudar para a lista de contatos "Skype" para ver apenas seus contatos do Skype. Você pode fazer isso através dos menus: Contatos - > Listas de contatos - > Skype:
VocêtambémpodesairdoFacebookeestaronlineapenasnoSkype.Vocêpodefazerissoatravésdosmenus:Skype->Statuson-line->Facebook->Off-line:
Você também pode desconectar sua conta do Skype da sua conta do Facebook através do menu de roda dentada na tela inicial do Skype:
EDIT:ParecequeaabadoFacebookdesapareceudanovaversãodoSkype.Masvocêpodemudarrapidamentesuaslistasusandoacoisaquepareceumacaixadecombinaçãoqueestáabaixodabarradepesquisa.Demoraumcliqueextra,masfazomesmotrabalho.