Quase todos os computadores precisarão de pelo menos uma ventoinha funcionando o tempo todo para evitar o superaquecimento, então eu evitaria usar aplicativos não comprovados como aquele que poderia causar todos os tipos de problemas.
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Primeiro, verifique se você tem um backup de algo importante.
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Sugiro que você tente reinstalar o driver do chipset no link caso o programa tenha modificado algo .
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Pode valer a pena acessar a BIOS para ver se há alguma opção lá para controlar a velocidade do ventilador. Quando você inicia o netbook, ele deve informar na tela qual tecla você precisa pressionar para acessar o BIOS.
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Se o ventilador ainda não estiver funcionando normalmente, convém tentar SpeedFan para ver se você pode definir a velocidade do ventilador para níveis normais.
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Por fim, se o SpeedFan não conseguir definir a velocidade do ventilador, você poderá tentar atualizar o BIOS a partir da página de suporte da Acer, caso a funcionalidade da ACPI tenha sido aprimorada. Este deve ser um último recurso, já que poderia bagunçar o computador.