Algumas coisas para verificar:
Veja se registros do sistema quaisquer erros ou avisos. Se algum for encontrado, verifique qual programa / serviço gerou erro e quando está acontecendo. Neste caso, você está provavelmente interessado em eventos que aconteceram logo após o boot.
Verifique se há erros no seu disco rígido, não apenas no mau, mas também em qualquer erro SMART. Se eventos SMART (erros de leitura, correções de CRC, falhas de busca, ...) forem altos, pode haver problema com o disco rígido. Consulte Como posso ler o status SMART do meu disco rígido no Windows 7?
Desabilite serviços que você não precisa, você também pode usar Sysinternals Autoruns para fazer isso.
Preste atenção também no uso da RAM, no uso da CPU, no uso do disco e no uso da rede durante e logo após a inicialização. Veja este artigo e / ou fórum do Technet .